運営組織 (平成19年度)
有明海総合研究プロジェクトの運営は以下のような3つの組織により行われています。
構成員：
プロジェクト長・副プロジェクト長・
学部長・部門長
構成員：
プロジェクト長・コア研究者
構成員：
プロジェクト長・副プロジェクト長・
任意メンバー
運営メンバー (平成19年度)
運営委員会
| プロジェクト長 理工学部教授 | 荒牧 軍治 |
| 副プロジェクト長 農学部教授 | 瀨口 昌洋 |
| 副プロジェクト長 理工学部准教授 | 大串 浩一郎 |
| 文化教育学部長 | 撫尾 知信 |
| 経済学部長 | 納富 一郎 |
| 医学部長 | 木本 雅夫 |
| 理工学部長 | 中島 晃 |
| 農学部長 | 野瀬 昭博 |
| 環境物質動態研究部門長 有明海総合研究プロジェクト講師 | 山本 浩一 |
| 干潟底質環境研究部門長 理工学部教授 | 田端 正明 |
| 環境モデル研究部門長 有明海総合研究プロジェクト准教授 | 速水 祐一 |
| 微生物相研究部門長 農学部教授 | 加藤 富民雄 |
| 食水系感染症研究部門長 医学部教授 | 中島 幹夫 |
| 地域文化・経済研究部門長 文化教育学部教授 | 山下 宗利 |
| 理工学部教授 | 新井 康平 |
推進会議
| プロジェクト長 理工学部教授 | 荒牧 軍治 |
| 環境物質動態研究部門長 講師 | 山本 浩一 |
| 理工学部准教授 | 原田 浩幸 |
| 干潟底質環境研究部門長 理工学部教授 | 田端 正明 |
| 副プロジェクト長 農学部教授 | 瀨口 昌洋 |
| 環境モデル研究部門長 准教授 | 速水 祐一 |
| 環境モデル研究部門 講師 | 濱田 孝治 |
| 副プロジェクト長 理工学部准教授 | 大串 浩一郎 |
| 微生物相研究部門長 農学部教授 | 加藤 富民雄 |
| 農学部教授 | 神田 康三 |
| 微生物相研究部門准教授 | 小林 元太 |
| 食水系感染症研究部門長 医学部教授 | 中島 幹夫 |
| 食水系感染症研究部門准教授 | 大石 浩隆 |
| 地域文化・経済研究部門長 文化教育学部教授 | 山下 宗利 |
| 農学部教授 | 武田 淳 |
事務局会議
| プロジェクト長 理工学部教授 | 荒牧 軍治 |
| 環境物質動態研究部門長 講師 | 山本 浩一 |
| 理工学部准教授 | 原田 浩幸 |
| 副プロジェクト長 農学部教授 | 瀨口 昌洋 |
| 環境モデル研究部門長 准教授 | 速水 祐一 |
| 環境モデル研究部門 講師 | 濱田 孝治 |
| 副プロジェクト長 理工学部准教授 | 大串 浩一郎 |
| 微生物相研究部門准教授 | 小林 元太 |
| 食水系感染症研究部門准教授 | 大石 浩隆 |
| 地域文化・経済研究部門長 文化教育学部教授 | 山下 宗利 |